يحدث التسمم الغذائي البكتيري بالتوكسين عادةً نتيجة تناول غذاء يحتوي على سموم ناتجة من نمو أنواع معينة من البكتيريا في الغذاء وقد يوجد التوكسين في الغذاء بالرغم من عدم إستمرار وجود الميكروب المنتج لهذا التوكسين في الغذاء.
يعتمد وجود التوكسينات في الأغذية على وجود البكتيريا في الغذاء، إنتاج التوكسينات خلال مرحلة نمو البكتيريا، تناول الغذاء وحساسية المستهلك لفعل التوكسين مثل الميكروبات المسئولة عن إنتاج التوكسين في الغذاء وهنالك مجموعة أخرى من الميكروبات تصل إلى الأمعاء عن طريق الفم من خلال الغذاء الملوث، ويتم تكوين التوكسين في الأمعاء.