هناك معوقات وصعوبات تواجه برامج التأهيل المجتمعي على ذلك يجب علينا ضرورة اعتماد مبدأ التنسيق بين مختلف البرامج الحكومية التطوعية والخاصة لتطبيق برنامج التأهيل المجتمعي لذلك سنتعرف معاً على المعوقات والصعوبات التي تواجه برامج التأهيل المجتمعي.
2. قلة المسوحات الاقتصادية حول الإعاقات في مختلف أنحاء المشكلة .
3. نقص المصادر الفنية المتخصصة في مجال التأهيل المجتمعي.
4. الاتجاهات الغير إيجابية تجاة ذوي الإعاقات.
5. النقص في الخدمات الرعاية الصحية.