تصاب نباتات الحلبة بعدة أمراض عندما تزرع في بيئات مرتفعة الرطوبة. أهم هذه الأمراض: البياض الدقيقي ، البقع الورقي المصفر – أمراض الصدأ والذبول.
يمكن مقاومة هذه الأمراض باستعمال المبيدات الفطرية اللازمة لكل مرض ويفضل زراعة الأصناف المقاومة للأمراض وأن يكون الجو جافاً وغير رطب.
كما تتعرض الحلبة للإصابة بالحشرات وخاصة ديدان ورق القطن وفراشات الفصة ويمكن استعمال المبيدات المتخصصة رشاً على النبات للقضاء عليها.